アプリケーションのコードは、フレームワークに依存せずに済ませられるなら、それに越したことはありませんが､依存して楽できるなら別にいいんじゃないのというのが私の考え。もちろん、フレームワークを後から取り替えることが前提の場合は別ですが､そんな開発聞いたことないし。
ほとんど起こらないだろうということに工数をかけるのはどうかなぁと思います。
同じことがデータベースにも言えます。特定のデータベースに依存するSQLを書かないのに越したことはないが､方言やストアドプロシージャを使えば楽できたり、速度が速くなるならできるだけ利用したほうが良いと思います。
