SingletonS2ContainerFactory

を用意します。
Webで使う場合は、S2ContainerServletをweb.xmlに登録しておけば、
SingletonS2ContainerFactoryと連動するようになります。
なので、S2Containerを取得したい人は、
SingltonS2ContainerFactory.getContainer()を
呼べばいいことになります。今まで通り、
S2ContainerServlet.getContainer()も引き続きサポートされます。
サーブレットコンテナ以外でアプリケーションが稼動するときには、
アプリケーションの初期化ロジックで、
SingletonS2ContainerFactory.init()を呼び出し、終了ロジックで
SingletonS2ContainerFactory.destroy()を呼び出せば、
Webの場合と同様に使うことができます。
コンポーネントの場合は、
http://homepage3.nifty.com/seasar/IoCContainer.html#UseS2Container
を使うほうが望ましいです。
シングルトンだと何かとテストがしにくいので。