ファイルの保存はどこでするのか

それは、ブラウザからアップロードされたファイルの保存をどこで、実装させるかということです。

ファイルの保存は､プレゼンテーション層のHelperロジックなので､それ用のコンポーネントを作り､ActionにDIします。なぜ、Serviceでやらないかというと、トランザクションは必要としないからです。